Vatsakalvodialyysi ei sovi, jos potilaalla on ollut suuria vatsaontelon leikkauksia tai jos hänellä on huono ravitsemustila. Hoitomuodon estää myös tyrä, mitä ei voida korjata. Esteenä voi myös olla se, että munuaiset ovat hyvin suuret esimerkiksi rakkulamunuaistaudin vuoksi.