Osa lääkkeistä poistuu vatsakalvodialyysissa. Lääkäri päättää mahdollisia lääkityksen muutoksista, kun dialyysihoito aloitetaan. Dialyysinesteeseen voidaan lisätä lääkkeitä. Diabeetikoilla insuliini lisätään usein dialyysinesteeseen, ja jos hoitomuotona käytetään jatkuvaa vatsakalvodialyysia, kaikki insuliinit voidaan laittaa dialyysinesteeseen, eikä ihonalaista insuliinipistosta enää tarvita. Tietyissä infektioissa annostellaan antibiootit suoraan dialyysinesteeseen.